Pour la mise en œuvre, deux grands types de mise en œuvre courantes (voir ci-dessous). Il en existe un troisième pour les zones de protection, baignades, captages ou en Flandre pour lesquelles une bâche de récolte est imposée. Ce troisième type fait l’objet d’une étude particulière réalisée pour chaque système.
- La mise en œuvre classique d'un système ENVIRO où l’on infiltre les eaux épurées sous le système.
- En cas de sol argileux ou imperméable, la mise en œuvre d'un système ENVIRO-SEPTIC DRAINÉ où l’on infiltre pas ou partiellement les eaux épurées pour les rejeter dans le milieu naturel ou dans le réseau public d’égouttage.